八大公山国家级自然保护区科研监测常规化，科研成果丰富。目前，保护区巡护监测线路有24条，巡护监测人员32人，人均巡护监测面积达9375亩，巡护监测频率为每月4次（每周1次），建立10个固定样方和30个固定样线，并借助红外线摄像机对一些关键地区实施24小时无间断监测。特别是近几年对区内的特有种、关键种、珍稀物种及保护威胁因子进行定期的巡护监测，在中科院、中国林科院、武汉植物园、湖南师范大学、中南林业科技大学、吉首大学等科研院所专家的指导下，结合国家相关科研课题项目，取得了良好的监测效果。首次利用红外线照相机，成功拍摄到国家一级保护动物云豹、白颈长尾雉，国家二级动物黑熊等珍稀野生动物活动图片资料。通过生态本地图的运用和GPS、导航记录仪等工具的使用，基本建立了保护区生物多样性监测体系。现已采集制作植物标本80000余份，动物标本2000余份，昆虫标本10000余份。现已建立两个动态监测大样地，一个是与中科院武汉植物园合作的25公顷大样地建设项目，另一个是与省林科院合作的古生物大样地。现正在开展保护区两栖类和黑箱的专题研究，以及保护区第三次科学综合考察。